某些類型的人類乳突病毒(HPV)除了與子宮頸癌有關外，也被發現與陰道、外陰及肛門的前期癌與癌症有關聯。

陰道癌相當罕見。「美國癌症協會」(The American Cancer Society，ACS)估計，到2005年結束時，美國將會有2,140個陰道癌新病例被診斷出來，有810名婦女會死於此癌症。陰道癌必須經過許多年才會形成。

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外陰癌是發生在外陰部位(環繞陰道開口的女性生殖器的外面部位)的癌症。「美國癌症協會」估計，2005年時美國將會有3,870個外陰癌新病例被診斷出來，約有870名婦女會死於此癌症。

根據我國2002年台灣癌症年報的資料顯示：民國91年，陰道、外陰部及其他未詳細說明之女性生殖器官惡性腫瘤發生個案數佔全部惡性腫瘤發生個案數的0.25%，陰道、外陰部及其他未詳細說明之女性生殖器官惡性腫瘤死亡人數佔全部惡性腫瘤死亡人數的0.07%。發生率的排名於女性為第23位；死亡率的排名於女性為第28位。民國91年初次診斷為陰道、外陰部及其他未詳細說明之女性生殖器官惡性腫瘤者共計157人，佔女性生殖器官(ICDO-3 C51 - C58)個案數的2.14%；當年死因為陰道、外陰部及其他未詳細說明之女性生殖器官惡性腫瘤者共計25人。(P11 reference 1)

肛門癌位於肛門部位。有一部份肛門位於身體內部、一部份位於外部；肛門癌可從任一部位開始發生。男性與女性都可能發生肛門癌，但相當罕見。如「世界衛生組織」在1999年時的估計，全球44,000個肛門病例中約有85%是由HPV引發的。
雖然極為罕見，但與某些類型HPV有關的另一個健康問題稱為復發性呼吸道乳突瘤(recurrent respiratory papillomatosis，RRP)。RRP通常發生於帶有引發大部份生殖器疣的HPV類型的母親所生的兒童。病毒可在自然生產過程(即經陰道生產)從母親傳給嬰兒。不過，一項「疾病預防中心」(Centers for Disease and Prevention，CDC)的研究顯示，其發生率非常低，大部份受感染母親的孩子都不會出現RRP。

此外，有些HPV類型也可引發口腔與喉部的癌症。

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